抗菌藥物耐藥性病原體（例如耐碳青霉烯類腸桿菌和耳念珠菌）的增加帶來了重大挑戰。多重耐藥性病原體在醫療環境中越來越普遍，而新冠疫情加劇了這一問題，因為疫情一方面給感染控制措施帶來壓力，另一方面導致抗生素的濫用增加。
檢測和追蹤這些病原體需要使用先進的分子檢測方法，但這些方法在全球范圍內并非普遍存在。
在歐盟，抗菌藥物耐藥性（AMR）每年導致約250萬額外的住院天數，造成大約15億歐元的額外醫療成本及生產力損失。
與醫療相關感染相關的細菌中，大約有三分之一對抗生素具有耐藥性。這種高耐藥性率導致患者住院時間延長及死亡率上升。
某些群體，如接受癌癥治療的患者、免疫系統較弱的人群、透析患者以及接受復雜手術的患者，更容易感染耐藥菌。
下一代測序（NGS）技術在傳染病檢測中的應用對于抗菌藥物耐藥性（AMR）管理至關重要，因為它能夠快速鑒定耐藥基因，為臨床抗菌藥物選擇提供分子生物學依據。
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